Kota Jayapura adalah ibu kota Provinsi Papua, Indonesia. Kota ini merupakan ibu kota provinsi yang terletak paling timur di Indonesia. Kota ini terletak di teluk Jayapura. 

Kota ini didirikan oleh Kapten Infanteri F.J.P Sachses dari kerajaan Belanda pada 7 Maret 1910. Dari tahun 1910 ke 1962, kota ini dulunya dikenal sebagai Hollandia dan merupakan ibu kota distrik dengan nama yang sama di timur laut pulau Papua bagian barat. Kota ini sempat disebut Kota Baru dan Sukarnopura (Sukarnapura, 1964) sebelum memangku nama yang sekarang pada tahun 1968. Arti literal dari Jayapura, sebagaimana kota Jaipur di Rajasthan, adalah ‘Kota Kemenangan’ (bahasa Sanskerta: jaya yang berarti “kemenangan”; pura: “kota”).

    Kota Jayapura kini, selain sebagai pusat Pemerintahan Provinsi Papua, juga menjadi pusat pertumbuhan ekonomi di Papua. Bisnis perdagangan barang dan jasa meningkat dengan drastis, dan sangat mempengaruhi pertumbuhan ekonomi di sejumlah Kabupaten dalam Provinsi Papua.

Sebagai  pintu masuk arus perdagangan barang dan migrasi dari luar Papua melalui pelabuhan lautnya, Kota Jayapura kini menjelma menjadi Kota tertimur di Indonesia yang cukup maju. Hotel berbintang, Pusat perbelanjaan, tempat hiburan, kuliner, berkembang dengan sangat signifikan dalam 10 tahun terakhir. Bahkan pusat-pusat pendidikan, baik tingkat sekolah dasar hingga perguruan tinggi, makin bersaing.

Beberapa hotel berbintang yang terkenal di Kota ini, antara lain Hotel Swisbell yang terletak di ruko dok II, Hotel Aston,Hotel Horison  dan Hotel Yasmin di Jalan Percetakan Jayapura, di Entrop ada Hotel Sahid lalu di Abepura ada Hotel Grand. Sementara tempat-tempat favorit yang sering dikunjungi, ada pantai base G,pantai Hamadi, pantai Kupang ( depan kantor Gubernur Papua), Puncak Polimak (Reklame Jayapura City), dan Perbatasan RI/PNG di skouw.

Untuk Kuliner, dapat menikmati sajian ikan bakar segar di ruko dok II, dan beberapa tempat lainnya yang tersebar dari Waena hingga Pasir II. Pusat perbelanjaan, hiburan dan rekreasi lainnya, dapat ditemukan di Saga Abepura, Mall Kotaraja, Mall Jayapura, Taman Imbi, Ruko Dok II dan Kelapa II Entrop.

Berdasarkan data BPS, Pada tahun 2011, jumlah penduduk Kota Jayapura 256.705, kemudian tahun 2012 naik menjadi 273.928 atau meningkat 1,08 persen. Jika diasumsikan pertumbuhan penduduk di Kota Jayapura per tahunnya naik 1 persen, maka diperkirakan jumlah penduduk Kota Jayapura pada Maret 2015 kurang lebih 324.000 jiwa.

Pemerintahan Kota Jayapura saat ini dipimpin oleh Walikota Benhur Tommy Mano, yang merupakan putra asli wilayah setempat, dan dibantu wakilnya Nur Alam, yang berasal dari akademisi Universitas Negeri Cenderawasih asal Sulawesi Selatan.